Ja das geht über das Charakter exportieren. Wenn du allerdings bei den Charakteren durch den Megamod Veränderungen vornimmst, weiß ich nicht, was passiert. Mir ist es einmal z. B. passiert, dass mein mönch, der im Vanilla das Amulett der Macht tragen konnte, dieses dann rot unterlegt hatte, weil es ihm nach neuem Regelwerk verboten war, das Ding zu tragen. Außerdem hast du natürlich das Problem, dass die Charaktere die XP mitnehmen und dann vielleicht zu stark sind.
Vielleicht solltest du einfach testen, ob du mit dne alten Saves weiterspielen kannst. Entscheidend dafür ist wohl, wie viele Mods du installiert hast und welche. Auftreten können z. B. Personen-Dopplungen (auch Gegner), wenn jemand durch einen Mod verändert wurde oder falsche Dialoge, wenn du da was installiert hats. Ich konnte bspw. mit Jaheira und Imoen in BG 2 Dialoge aus dem BG1-NPC-Projekt führen.
Wenn du Pech hast, wirst du irgendwann festhängen, weil ein Mod so stark eingegriffen hat, dass das Spiel nicht mehr tut, aber das muss nicht passieren.