Zu der Kiste: wie du richtig rausgefunden hast, da sind weder helle noch dunkle Punkte zu holen.
Zu Missions Bruder: du kannst im Czerka Gebäude, wo er rumstand und auf die Tachdrüsen wartete, mit dem Verkäufer reden (mit Mission in Party). Der überbringt dir dann die letzte Nachricht von Griff. Diesen jedoch siehst du ihn nie wieder - jedenfalls nicht dass ich wüsste.
Zu Carth' Sohn: den findest du, wenn du mit Carth in den Dialogen weit genug fortgedrungen bist (du kannst die Dialoge ja auch im Schiff mit ihm führen, ist also nicht schlimm, wenn du ihn nicht in Party hast). Allerdings, zum Finden musst du Carth sehr wohl dabei haben. Wenn du irgendwo mit Carth in Party die Ebon Hawk verlässt, solltest du irgendjemandem begegnen, der Carth berichtet, er hätte seinen Sohn in der Sith Akademie auf Korriban gesehen. Ich glaube jedoch, das ist nichtmal nötig - sobald du mit Carth in der Gruppe (Voraussetzung: er hat dir schon von seinem vermissten Sohn erzählt) nach Korriban gehst, wirst du seinen Sohn finden. Im Akademiegebäude, wo die Sith-Anwärter sich aufhalten.
Aber Vorsicht als böser Charakter: willst du das Quest "gut" bzw. "korrekt" lösen, kassierst du Lightside Punkte. Ich hab die bei meinem bösen Durchgang dennoch in Kauf genommen, weil mir die andere Lösung nicht gefiel. Ich hatte keine Schwierigkeiten, sehr schnell wieder ins total Böse abzufallen.